Als nächstes werden die Abgase aufwendig gefiltert, zunächst durch Zyklonfilter, in denen feste oder flüssige Partikel durch Fliehkraft abgeschieden werden, danach folgen elektrostatische Abscheider. Insgesamt werden so 99.9% des ursprünglichen Staubes aus dem Rauchgas ausgeschieden, der abgeschiedene Staub und die Asche werden vorschriftsmäßig entsorgt. Das, was oben noch aus dem Kamin kommt, wird permanent mit Sensoren überwacht. Messungen des Umweltbundesamtes in Mödling haben ergeben, dass die Feinstaubbelastung durch das dortige Heizkraftwerk mitten in der Stadt unter der sicheren Nachweisgrenze liegt und im Umfeld des Kraftwerks etwa dem entspricht, was durch zwei bis drei Kaminöfen in Privathaushalten emittiert wird. Natürlich kommt, wie bei jeder Verbrennung, auch CO2 aus dem Kamin, dazu auch Wasserdampf. Dieser Wasserdampf bildet oft die optisch hervorstechende und dadurch zumeist kritisierte Fahne am Kaminaustritt, ist aber ein normales Verbrennungsprodukt, somit absolut keine Bedrohung und schon gar kein Gift. Nur eine Fahne, die nicht weiß ist, wäre schlecht und ein Hinweis auf Rußpartikel.
Nachdem das CO2 aus der Verbrennung nachwachsenden Rohstoffen stammt, die zuvor dieselbe Menge CO2 aus der Natur entnommen haben, ist ein Biomasse-Kraftwerk CO2-neutral.